Evolutionary stability of DNA uptake signal sequences in the Pasteurellaceae
Notice bibliographique
Résumé
The DNA-uptake signal sequence (USS) of the bacterium Haemophilus influenzae is highly over-represented in its genome (1,471 copies of the core sequence AAGTGCGGT), and DNA fragments containing USS are preferentially taken up by competent cells. Because this bias favors uptake of conspecific DNA, USSs are often considered a kind of mate recognition system in bacteria, acting as species-specific barriers against uptake of unrelated DNA. However, the H. influenzae USS is highly over-represented in the genomes of three otherwise-divergent Pasteurellaceae species (Pasteurella multocida, Haemophilus somnus, and Actinobacillus actinomycetemcomitans, 927, 1,205, and 1,760 copies, respectively), suggesting that USSs do not always limit exchange. USSs in all these genomes are mainly in coding regions and show no orientation bias around the chromosome, weakening proposed USS functions in transcription termination and chromosome replication. Alignment of homologous genes was used to determine evolutionary relationships between individual USSs. Most H. influenzae USSs were found to have perfect or imperfect homologs (USS at the same location) in at least one other species, and most USSs in the other species had perfect or imperfect homologs in H. influenzae. These homologies suggest that the use of a common USS is due to inheritance of the USS-based uptake system from a common ancestor of the Pasteurellaceae, and it indicates that individual USSs can be evolutionarily stable elements of their genomes. The pattern is consistent with a molecular drive model of USS evolution, with new USSs arising by mutation and preferentially spread to new genomes by the biased DNA-uptake system.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».