Homozygosity mapping in an anophthalmic pedigree provides evidence of additional genetic heterogeneity
Notice bibliographique
Résumé
PURPOSE: Anophthalmia is a heterogeneous developmental disorder characterized by absent eyes whose diverse etiology encompasses chromosomal and monogenic aberrations, as well as environmental causes. Since the molecular basis has been defined in only a small proportion of cases and extending this offers potential to enhance understanding of key steps in ocular development, a consanguineous anophthalmic pedigree was investigated using homozygosity mapping. METHODS: DNA samples from six individuals, two anophthalmic, were genotyped with an array featuring approximately 620,000 single nucleotide polymorphisms (SNPs) in order to identify homozygous or copy number variant (CNV) regions. Candidate genes located in regions of identity by descent (IBD) defined by homozygosity mapping were subsequently screened by direct sequencing. RESULTS: Genotyping identified five homozygous intervals (4q26-28.1, 13q12.11, 14q22.1-22.2, 15q26.2-26.3 and 19q13.12) larger than 1 Mb that do not correspond with the known loci and which contain a total of 205 annotated genes. No CNVs were identified that segregated with the disease phenotype, and sequencing of five candidate genes (PRDM5, FGF2, SOS2, POU2F2 and CIC) did not identify any mutations. CONCLUSIONS: Although constrained by the pedigree's size, the homozygosity mapping approach employed in this study extends the locus heterogeneity of anophthalmia. The results indicate that a novel molecular cause remains to be determined in this pedigree with the causative gene likely located within one of the five IBD regions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».