A resource for analysis of microRNA expression and function in pancreatic ductal adenocarcinoma cells
Notice bibliographique
Résumé
MicroRNAs (miRNAs) are 21-24 nucleotide RNA molecules that regulate the translation and stability of target messenger RNAs. Abnormal miRNA expression is a common feature of diverse cancers. Several previous studies have classified miRNA expression in pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC), although no uniform pattern of miRNA dysregulation has emerged. To clarify these previous findings as well as to set the stage for detailed functional analyses, we performed global miRNA expression profiling of 21 human PDAC cell lines, the most extensive panel studied to date. Overall, 39 miRNAs were found to be dysregulated and have at least two-fold or greater differential expression in PDAC cell lines compared to control nontransformed pancreatic ductal cell lines. Several of these miRNAs show comparable dysregulation in first-passage patient derived xenografts. Initial functional analyses demonstrate that enforced expression of miRNAs derived from the miR-200 family and the miR-17-92 cluster, both of which are overexpressed in PDAC cell lines, enhances proliferation. In contrast, inhibition of the miR-200 family, the miR-17-92 cluster, or miR-191 diminishes anchorage independent growth. Consistent with a known role for the miR-200 family in negatively regulating an epithelial-to-mesenchymal transition (EMT), the abundance of these miRNAs correlated positively with E-cadherin expression and negatively with the EMT-associated transcription factor and established miR-200 target ZEB1. Finally, restituted expression of miR-34a, a miRNA whose expression is frequently lost in PDAC cell lines, abrogates growth, demonstrating that the anti-proliferative activity of this miRNA is operative in PDAC. These results, and the widespread availability of PDAC cell lines wherein the aforementioned data were generated, provide a valuable resource for the pancreatic cancer research community and will greatly facilitate functional studies essential for elucidating the consequences of miRNA dysregulation in pancreatic cancer.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,008 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,063 | 0,078 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».