Identification of a gene regulatory network associated with prion replication
Notice bibliographique
Résumé
Prions consist of aggregates of abnormal conformers of the cellular prion protein (PrP(C)). They propagate by recruiting host-encoded PrP(C) although the critical interacting proteins and the reasons for the differences in susceptibility of distinct cell lines and populations are unknown. We derived a lineage of cell lines with markedly differing susceptibilities, unexplained by PrP(C) expression differences, to identify such factors. Transcriptome analysis of prion-resistant revertants, isolated from highly susceptible cells, revealed a gene expression signature associated with susceptibility and modulated by differentiation. Several of these genes encode proteins with a role in extracellular matrix (ECM) remodelling, a compartment in which disease-related PrP is deposited. Silencing nine of these genes significantly increased susceptibility. Silencing of Papss2 led to undersulphated heparan sulphate and increased PrP(C) deposition at the ECM, concomitantly with increased prion propagation. Moreover, inhibition of fibronectin 1 binding to integrin α8 by RGD peptide inhibited metalloproteinases (MMP)-2/9 whilst increasing prion propagation. In summary, we have identified a gene regulatory network associated with prion propagation at the ECM and governed by the cellular differentiation state.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».