PTGER4 gene variant rs76523431 is a candidate risk factor for radiological joint damage in rheumatoid arthritis patients: a genetic study of six cohorts
Notice bibliographique
Résumé
INTRODUCTION: Prostaglandin E receptor 4 (PTGER4) is implicated in immune regulation and bone metabolism. The aim of this study was to analyze its role in radiological joint damage in rheumatoid arthritis (RA). METHODS: Six independent cohorts of patients with RA of European or North American descent were included, comprising 1789 patients with 5083 sets of X-rays. The Hospital Clínico San Carlos Rheumatoid Arthritis, Princesa Early Arthritis Register Longitudinal study, and Hospital Universitario de La Paz early arthritis (Spain) cohorts were used as discovery cohorts, and the Leiden Early Arthritis Clinic (The Netherlands), Wichita (United States), and National Databank for Rheumatic Diseases (United States and Canada) cohorts as replication cohorts. First, the PTGER4 rs6896969 single-nucleotide polymorphism (SNP) was genotyped using TaqMan assays and available Illumina Immunochip data and studied in the discovery and replication cohorts. Second, the PTGER4 gene and adjacent regions were analyzed using Immunochip genotyping data in the discovery cohorts. On the basis of pooled p values, linkage disequilibrium structure of the region, and location in regions with transcriptional properties, SNPs were selected for replication. The results from discovery, replication, and overall cohorts were pooled using inverse-variance-weighted meta-analysis. Influence of the polymorphisms on the overall radiological damage (constant effect) and on damage progression over time (time-varying effect) was analyzed. RESULTS: The rs6896969 polymorphism showed a significant association with radiological damage in the constant effect pooled analysis of the discovery cohorts, although no significant association was observed in the replication cohorts or the overall pooled analysis. Regarding the analysis of the PTGER4 region, 976 variants were analyzed in the discovery cohorts. From the constant and time-varying effect analyses, 12 and 20 SNPs, respectively, were selected for replication. Only the rs76523431 variant showed a significant association with radiographic progression in the time-varying effect pooled analysis of the discovery, replication, and overall cohorts. The overall pooled effect size was 1.10 (95 % confidence interval 1.05-1.14, p = 2.10 × 10(-5)), meaning that radiographic yearly progression was 10 % greater for each copy of the minor allele. CONCLUSIONS: The PTGER4 gene is a candidate risk factor for radiological progression in RA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».