Accelerated Rate of Molecular Evolution for Vittarioid Ferns is Strong and Not Driven by Selection
Notice bibliographique
Résumé
Molecular evolutionary rate heterogeneity-the violation of a molecular clock-is a prominent feature of many phylogenetic data sets. It has particular importance to systematists not only because of its biological implications, but also for its practical effects on our ability to infer and date evolutionary events. Here we show, using both maximum likelihood and Bayesian approaches, that a remarkably strong increase in substitution rate in the vittarioid ferns is consistent across the nuclear and plastid genomes. Contrary to some expectations, this rate increase is not due to selective forces acting at the protein level on our focal loci. The vittarioids bear no signature of the change in the relative strengths of selection and drift that one would expect if the rate increase was caused by altered post-mutation fixation rates. Instead, the substitution rate increase appears to stem from an elevated supply of mutations, perhaps limited to the vittarioid ancestral branch. This generalized rate increase is accompanied by extensive fine-scale heterogeneity in rates across loci, genomes, and taxa. Our analyses demonstrate the effectiveness and flexibility of trait-free investigations of rate heterogeneity within a model-selection framework, emphasize the importance of explicit tests for signatures of selection prior to invoking selection-related or demography-based explanations for patterns of rate variation, and illustrate some unexpected nuances in the behavior of relaxed clock methods for modeling rate heterogeneity, with implications for our ability to confidently date divergence events. In addition, our data provide strong support for the monophyly of Adiantum, and for the position of Calciphilopteris in the cheilanthoid ferns, two relationships for which convincing support was previously lacking.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».