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Enregistrement W2108005792 · doi:10.1525/bio.2010.60.3.4

Unfurling Fern Biology in the Genomics Age

2010· article· en· W2108005792 sur OpenAlexaff
Michael S. Barker, Paul G. Wolf

Notice bibliographique

RevueBioScience · 2010
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueFern and Epiphyte Biology
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésFernBiologyContext (archaeology)GenomeEvolutionary biologyGenomicsPhylogenomicsPlant evolutionDNA sequencingWhole genome sequencingPhylogeneticsGeneticsGeneBotanyCladePaleontology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Twenty-first century technology is addressing many of the questions posed by 20th-century biology. Although the new approaches, especially those involving genomic data and bioinformatic tools, were first applied to model organisms, they are now stretching across the tree of life. Here, we review some recent revelations in the ferns. We first examine how DNA sequence data have contributed to our understanding of fern phylogeny. We then address evolution of the fern plastid genome, including reports of high levels of RNA editing. Recent studies are also shedding light on the evolution of fern nuclear genomes. Initial analyses of genomic data suggest that despite their very high chromosome numbers homosporous ferns may have experienced relatively few rounds of genome duplication. Genomic data are enabling researchers to examine speciation rates and the mechanisms underlying the formation of new fern species. We also describe genetic tools that have been used to study gene function and development in ferns. Recent findings in fern biology are providing insights that are not only pertinent to this major component of the land flora but can also help to provide an improved evolutionary context for research on flowering plants.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,016

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0020,006
Communication savante0,0040,009
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0030,004
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,027
Tête enseignante GPT0,239
Écart entre enseignants0,212 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations100
Publié2010
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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