Tandem reporter assay for myristoylated proteins post‐translationally (TRAMPP) identifies novel substrates for post‐translational myristoylation: PKC∊, a case study
Notice bibliographique
Résumé
Myristoylation, the addition of a 14-carbon fatty acid to the N-terminal glycine of a protein, is key to protein-membrane and protein-protein interactions. Typically, myristoylation occurs cotranslationally; however, post-translational myristoylation of caspase-cleaved proteins is now emerging as a well-established protein modification and as a novel regulator of apoptosis. To identify additional post-translationally myristoylated proteins, we engineered a plasmid vector encoding for a caspase-cleavable reporter protein named tandem reporter assay for myristoylation of proteins post-translationally (TRAMPP). pTRAMPP consists of tdTomato-DEVD-"test myristoylation sequence"-enhanced green fluorescent protein (EGFP). After induction of apoptosis, the reporter protein is cleaved by caspases, which frees a new N-terminal glycine residue attached to EGFP that can be myristoylated. We used pTRAMPP in appropriately transfected cells to identify 7 post-translationally myristoylated proteins. First, we confirmed the post-translational myristoylation of two previously identified putative substrates, cytoplasmic dynein intermediate chain 2A and PKCε (ctPKCε), and identified 5 more caspase-cleaved potential substrates for myristoylation that include the antiapoptotic regulator of apoptosis, Mcl-1, and the causative agent of Huntington's disease, huntingtin protein. Further investigation revealed that post-translationally myristoylated ctPKCε localized to membranes and increased Erk signaling and degradation of the proapoptotic protein Bim, which prevented a significant loss of mitochondrial potential of 17% over nonmyristoylated ctPKCε in HeLa cells in the presence of apoptotic stimuli. Taken together, these findings suggest a possible antiapoptotic role for post-translationally myristoylated caspase-cleaved ctPKCε.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».