Evidence that Regulatory Protein MarA of <i>Escherichia coli</i> Represses <i>rob</i> by Steric Hindrance
Notice bibliographique
Résumé
The MarA protein of Escherichia coli can both activate and repress the initiation of transcription, depending on the position and orientation of its degenerate 20-bp binding site ("marbox") at the promoter. For all three known repressed genes, the marbox overlaps the promoter. It has been reported that MarA represses the rob promoter via an RNA polymerase (RNAP)-DNA-MarA ternary complex. Under similar conditions, we found a ternary complex for the repressed purA promoter also. These findings, together with the backwards orientation of repressed marboxes, suggested a unique interaction of MarA with RNAP in repression. However, no repression-specific residues of MarA could be found among 38 single-alanine replacement mutations previously shown to retain activation function or among mutants from random mutagenesis. Mutations Thr12Ala, Arg36Ala, Thr95Ile, and Pro106Ala were more damaging for activation than for repression, some up to 10-fold, so these residues may play a specific role in activation. We found that nonspecific binding of RNAP to promoterless regions of DNA was presumably responsible for the ternary complexes seen previously. When RNAP binding was promoter specific, MarA reduced RNAP access to the rob promoter; there was little or no ternary complex. These findings strongly implicate steric hindrance as the mechanism of repression of rob by MarA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».