Delineation of the recombination sites necessary for integration of pathogenicity islands II and III into the <i>Escherichia coli</i> 536 chromosome
Notice bibliographique
Résumé
In uropathogenic Escherichia coli strain 536, six pathogenicity islands (PAIs) encode key virulence factors. All PAIs except PAI IV(536) are flanked by direct repeats and four of them encode integrases responsible for their chromosomal excision. To study recombination sites used for the integration by PAI II(536) and III(536) integrases, we measured site-specific recombination between the chromosomal integration site attB, and the PAI-specific attachment site attP. We show that PAI III(536) IntB, but not IntA, mediates PAI III(536) integration. Studies of integrative recombination sites of both PAIs show that, when using a large cognate attP site (839 bp for PAI II(536) and 268 bp for PAI III(536)), PAI II(536) and III(536) attB sites could be reduced to 16 bp and 20 bp, respectively, without affecting recombination. Further reduction to 14 bp for PAI II(536) and 13 bp for PAI III(536) diminished recombination efficiency. Surprisingly, attP sites could also be reduced to 14 bp (PAI II(536)) and 20 bp (PAI III(536)). The integration host factor (IHF) and the DNA-bending HU protein do not influence PAI II(536) recombination, but IHF enhances PAI-III(536) excision and negatively affects its integration. These data suggest that PAI intasomes differ from those of lambda and P4 integrase paradigms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».