Simultaneous identification of molecular and mating types within the Cryptococcus species complex by PCR-RFLP analysis
Notice bibliographique
Résumé
The Cryptococcus species complex consists of two species, Cryptococcus neoformans and Cryptococcus gattii, which cause systemic infections in both immunocompromised and immunocompetent patients. Both species have a bipolar mating system, with mating type (MAT) alpha being predominant in clinical and environmental isolates. The strains of the Cryptococcus species complex have been divided into eight major molecular types, which show differences in epidemiology, biology and pathogenicity. In this study, two PCR-RFLP analyses, based on the CAP1 and GEF1 genes, which are both located at the MAT locus, were developed for simultaneous identification of the molecular and mating types of isolates of the Cryptococcus species complex. The molecular and mating types of all 144 cryptococcal isolates, including rare subtypes, were successfully determined by both PCR-RFLP approaches. Pattern analysis of the AD hybrids revealed that the serotype A MATa allele in strains of AaDalpha derived from genotype VNB, whereas the serotype A MATalpha allele among strains of AalphaDa and AalphaDalpha derived from molecular type VNI.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».