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Enregistrement W2108703975 · doi:10.1002/qsar.200530003

Use of Quantitative Structure-activity Relationship to Model the Photoinduced Toxicity of Anthracene and Oxygenated Anthracenes

2005· article· en· W2108703975 sur OpenAlexaff
Ali Mallakin, Paul G. Mezey, Zbigniew Zimpel, Kenneth S. Berenhaut, Bruce M. Greenberg, D. George Dixon

Notice bibliographique

RevueQSAR & Combinatorial Science · 2005
Typearticle
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueComputational Drug Discovery Methods
Établissements canadiensUniversity of WaterlooUniversity of SaskatchewanMemorial University of Newfoundland
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésAnthraceneChemistryAnthraquinoneChemical structureQuantitative structure–activity relationshipPhotosynthesisMoleculeToxicityStereochemistryOrganic chemistryBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) are known to exhibit photoinduced toxicity to organisms, especially in the presence of ultraviolet irradiation. Oxidation is the most common photochemical reaction of anthracene (ANT) and ANT derivatives. Quinones, hydroxy-quinones, diols, and aldehydes are the resultant products. Different ANT photoproducts have different impact on biological organisms. The structure of these molecules contains information concerning their toxicity. From two main bioenergetic pathways in aerobic organisms (respiration and photosynthesis), we have previously reported the inhibition of photosynthesis by ANT derivatives. We showed that inhibition of photosynthesis is a reliable assay of xenobiotic stress. To study the correlation between chemical structures and toxicity, precise structure of anthracene (ANT), anthraquinone (ATQ) and eleven hydroxyanthraquinones (hATQs) were constructed. A numerical comparison of molecular shape codes was used for shape comparison and similarity analysis. The data sets for growth inhibition showed good correlations to the shape similarity. Both the one ring and whole molecule similarities of ANT, ATQ and hATQs showed a good correlation with the empirical whole organism toxicity data. The IC50 values for FV/FM and FQ/FM were plotted against hyperbolic dependencies of one-ring and whole molecule similarity to determine their predictive capacity. The two data sets for FQ/FM and FV/FM have reasonable regression coefficients, and both were found to be excellent bioindicators of effects. In this study correlation between the shape of chemicals and the biological activity provides necessary information related to toxicity of hazard chemicals based on chemical and biological properties of their reactions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,083
Tête enseignante GPT0,351
Écart entre enseignants0,269 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2005
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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