Staphylococcus epidermidis with the icaA− /icaD− /IS256 − genotype and protein or protein/extracellular-DNA biofilm is frequent in ocular infections
Notice bibliographique
Résumé
In ocular infections (OIs) caused by Staphylococcus epidermidis, biofilms composed mainly of poly-N-acetylglucosamine (PNAG) have been widely studied, but PNAG-independent biofilms have not. Therefore, we searched for a relationship between the ica operon (involved in PNAG-biofilm) and the biochemical composition of biofilms in isolates from OI. Isolates from OI (n = 62), from healthy conjunctiva (HC; n = 45) and from healthy skin (HS; n = 53), were used to detect icaA and icaD genes, and the insertion sequence 256 (IS256) using PCR. The compositions of the biofilms were determined by treatment with NaIO₄, proteinase K and DNase I. Multilocus sequence typing (MLST) was performed to characterize the isolates, and the expression of aap and embp genes was determined by real-time qPCR. A strong relationship between the icaA(-)/icaD(-)/IS256(-) genotype and protein- or protein/extracellular DNA (eDNA)-biofilm composition was found in the isolates from OI (53.6%), whereas the icaA(+)/icaD(+)/IS256(-) genotype and carbohydrate-biofilm was most prevalent in isolates from HC (25%) and HS (25%). Isolates with an icaA(-)/icaD(-)/IS256(-) genotype and protein-biofilm phenotype were predominantly of the ST2 lineage, while carbohydrate-biofilm-producing strains were mainly of the ST9 lineage. The protein-biofilm-producing strains had higher expression levels of aap gene than carbohydrate-biofilm-producing strains; while embp gene did not have the same pattern of expression. These results suggest that S. epidermidis strains with icaA(-)/icaD(-)/IS256(-) genotype and protein- or protein/eDNA-biofilms have a stronger ability to establish in the eye than S. epidermidis strains with icaA(+)/icaD(+)/IS256(-) genotype and PNAG-biofilms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».