Group II intron splicing factors in plant mitochondria
Notice bibliographique
Résumé
Group II introns are large catalytic RNAs (ribozymes) which are found in bacteria and organellar genomes of several lower eukaryotes, but are particularly prevalent within the mitochondrial genomes (mtDNA) in plants, where they reside in numerous critical genes. Their excision is therefore essential for mitochondria biogenesis and respiratory functions, and is facilitated in vivo by various protein cofactors. Typical group II introns are classified as mobile genetic elements, consisting of the self-splicing ribozyme and its intron-encoded maturase protein. A hallmark of maturases is that they are intron specific, acting as cofactors which bind their own cognate containing pre-mRNAs to facilitate splicing. However, the plant organellar introns have diverged considerably from their bacterial ancestors, such as they lack many regions which are necessary for splicing and also lost their evolutionary related maturase ORFs. In fact, only a single maturase has been retained in the mtDNA of various angiosperms: the matR gene encoded in the fourth intron of the NADH-dehydrogenase subunit 1 (nad1 intron 4). Their degeneracy and the absence of cognate ORFs suggest that the splicing of plant mitochondria introns is assisted by trans-acting cofactors. Interestingly, in addition to MatR, the nuclear genomes of angiosperms also harbor four genes (nMat 1-4), which are closely related to maturases and contain N-terminal mitochondrial localization signals. Recently, we established the roles of two of these paralogs in Arabidopsis, nMAT1 and nMAT2, in the splicing of mitochondrial introns. In addition to the nMATs, genetic screens led to the identification of other genes encoding various factors, which are required for the splicing and processing of mitochondrial introns in plants. In this review we will summarize recent data on the splicing and processing of mitochondrial introns and their implication in plant development and physiology, with a focus on maturases and their accessory splicing cofactors.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».