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Enregistrement W2108951500 · doi:10.1099/vir.0.026864-0

Virulent Marek's disease virus generated from infectious bacterial artificial chromosome clones with complete DNA sequence and the implication of viral genetic homogeneity in pathogenesis

2010· article· en· W2108951500 sur OpenAlexafffund
Masahiro Niikura, T. Kim, R. F. Silva, Jerry B. Dodgson, Hans H. Cheng

Notice bibliographique

RevueJournal of General Virology · 2010
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueHerpesvirus Infections and Treatments
Établissements canadiensSimon Fraser University
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaSimon Fraser UniversityU.S. Department of Agriculture
Mots-clésBiologyVirulenceBacterial artificial chromosomeVirologyPopulationGeneticsVirusGenomeViral replicationORFSGenePeptide sequenceOpen reading frame

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Genetic homogeneity of a test population is essential to precisely associate a viral genome sequence and its phenotype at the nucleotide level. However, homogeneity is not easy to achieve for Marek's disease virus (MDV) due to its strictly cell-associated replication. To address this problem, two virulent infectious bacterial artificial chromosome (BAC) clones of MDV were generated from an MDV genome previously cloned as five overlapping cosmids. The Md5SN5BAC clone has the BAC vector inserted between the 3' ends of UL3 and UL4, such that no known ORFs should be disrupted. The BAC vector is flanked by loxP sites, so that it can be deleted from the viral genome by transfecting Md5SN5BAC into a newly developed chicken cell line that constitutively expresses Cre recombinase. The Md5B40BAC clone has the BAC vector replacing a portion of US2, a location similar to that used by other groups to construct MDV-BAC clones. Although both BACs were capable of producing infectious virulent MDV when inoculated into susceptible chickens, Md5B40BAC-derived viruses showed somewhat better replication in vivo and higher virulence. Removal of the BAC vector in Md5SN5BAC-derived viruses had no influence on virulence. Interestingly, when genetically homogeneous virulent MDV generated from Md5B40BAC was mixed with avirulent virus, the overall virulence of the mixed population was noticeably compromised, which emphasizes the importance of MDV population complexity in pathogenesis.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,855
Score d'incertitude au seuil0,491

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,261
Écart entre enseignants0,245 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations50
Publié2010
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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