Genotype comparison of sorbitol-negative Escherichia coli isolates from healthy broiler chickens from different commercial farms
Notice bibliographique
Résumé
Hybridization on arrays was used to assess the presence of virulence-associated genes and to determine the relatedness of 32 non-O157 sorbitol-negative Escherichia coli isolates from healthy broiler chickens. These isolates were from commercial farms that used feed supplemented with different antimicrobial agents (virginiamycin, bacitracin, salinomycin, narasin, nicarbazin, or diclazuril). For each isolate, fluorescent probes were made from genomic DNA and were hybridized on DNA arrays composed of genes associated with general functions, virulence, iron uptake systems, and DNA repair genes (e.g., mut genes). Hybridization on arrays results showed that isolates from the same farm tended to be clustered but actually represented 18 genetically distinct groups of isolates. Results revealed that some isolates showed similarity to human uropathogenic E. coli or avian pathogenic E. coli. Four avian pathogenic E. coli-like isolates were detected. Another isolate possessed the intimin gene (eaeA) and typical genes of the type 3 secretion system associated with enteropathogenic E. coli and enterohemorrhagic E. coli strains. Genes from a second system (secondary type 3 secretion system) homologous to that found in Salmonella Typhimurium were detected in many isolates. Several of the studied isolates also possessed the aerobactin, salmochelin, and yersiniabactin genes involved in iron acquisition in pathogenic bacteria. Our results clearly suggest that commensal E. coli isolates from chickens are reservoirs of virulence-associated genes and may represent colibacillosis and zoonotic risks.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».