Single-Step Multiplex Conventional and Real-Time Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction Assays for Simultaneous Detection and Subtype Differentiation of <i>Influenza A Virus</i> in Swine
Notice bibliographique
Résumé
Because pigs are considered intermediate hosts for the emergence of novel influenza virus reassortants with associated zoonotic potential, monitoring and characterization of circulating influenza viruses in pigs are important for adequate control of infection. For this, rapid molecular diagnostic methods other than immunoassays are needed. Three novel single-step multiplex reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) assays were developed in the current study for simultaneous detection and subtype differentiation of Influenza A virus in pigs. A conventional single-step pentaplex RT-PCR was designed for concomitant detection of the generic matrix (M) gene, hemagglutinin H1 and H3, and neuraminidase N1 and N2 genes of Swine influenza virus (SIV). In the other 2 single-step tetraplex real-time RT-PCR assays, the primers and fluorescent probes were targeted for the simultaneous detection of common M, H1, H3, and N2 SIV genes (first assay), and for M, H1, and H3 SIV genes and the H5 gene of highly pathogenic avian influenza virus of Eurasian lineage (second assay). The real-time RT-PCR assays had detection sensitivity limits ranging from 10(1) to 10(3) copies of respective in vitro RNA transcripts of M, H1, H3, H5, and N2 genes. The multiplex assays were evaluated by using SIV isolates, clinical specimens, and the appropriate synthetic template. The recent H1N1 pandemic strain isolated from pigs also was tested in simplex RT-PCR and real-time RT-PCR assays with the H1 primers and probes. The efficacy of the multiplex RT-PCR and real-time RT-PCR shows the suitability of multiplex RT-PCR and real-time RT-PCR for rapid subtype identification and monitoring in North American pigs of Influenza A virus.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».