Differentiation between <i>Aphis pomi</i> and <i>Aphis spiraecola</i> using multiplex real‐time PCR based on DNA barcode sequences
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The green apple aphid (Aphis pomi) and the spirea aphid (Aphis spiraecola) are pests of apples in North America. Although management regimes exist to effectively control these pests, they differ significantly because of varying susceptibility of each species to common pesticides and differences in their life cycles. Therefore, accurate identification of the species present is essential for pest control. However, the identification process is complicated because of the morphological similarity between these two species. As a result, confusion between A. pomi and A. spiraecola often occurs. DNA barcoding has been proven to accurately identify species of Aphididae. A further study demonstrated that DNA barcodes could be used to accurately differentiate A. pomi and A. spiraecola. DNA barcoding represents an important step towards rapid identification of these pests as distinctions can be easily made between morphologically similar species as well as from eggs and immature individuals in addition to adults. However, samples must still be sent to specially equipped facilities for sequence analysis, which can take between several hours and days. Real‐time PCR is emerging as a useful tool for more rapid pest identification. The purpose of this study was to develop a real‐time PCR assay for differentiation of A.pomi from A. spiraecola based on DNA barcode sequences from the Barcode of Life Data System. This assay was designed on the portable SmartCycler II platform and can be used in field settings to differentiate these species quickly and accurately. It has the potential to be a valuable tool to improve pest management of A. pomi and A. spiraecola.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».