Bovine CD14 gene characterization and relationship between polymorphisms and surface expression on monocytes and polymorphonuclear neutrophils
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: CD14 is an important player in host innate immunity in that it confers lipopolysaccharide sensitivity to cell types like neutrophils, monocytes and macrophages. The study was aimed at characterizing the CD14 gene of cattle for sequence variations and to determine the effect of variations on the expression of the protein on the surfaces of monocytes and neutrophils in healthy dairy cows. RESULTS: Five SNPs were identified: two within the coding regions (g.A1908G and g.A2318G, numbering is according to GenBank No. EU148609), one in the 5' (g.C1291T) and two in the 3' (g.A2601G and g.G2621T) untranslated regions. SNP 1908 changes amino acid 175 of the protein (p.Asn175Asp, numbering is according to GenBank No. ABV68569), while SNP 2318 involves a synonymous codon change. Coding region SNPs characterized three gene alleles A (GenBank No. EU148609), A1 (GenBank No. EU148610) and B (GenBank No. EU148611) and two deduced protein variants A (ABV68569 and ABV68570) and B (ABV68571). Protein variant A is more common in the breeds analyzed. All SNPs gave rise to 3 haplotypes for the breeds. SNP genotype 1908AG was significantly (P<0.01) associated with a higher percentage of neutrophils expressing more CD14 molecules on their surfaces. The promoter region contains several transcription factor binding sites, including multiple AP-1 and SP1 sites and there is a high conservation of amino acid residues between the proteins of closely related species. CONCLUSION: The study has provided information on sequence variations within the CD14 gene and proteins of cattle. The SNP responsible for an amino acid exchange may play an important role in the expression of CD14 on the surfaces of neutrophils. Further observations involving a larger sample size are required to validate our findings. Our SNP and association analyses have provided baseline information that may be used at defining the role of CD14 in mediating bacterial infections. The computational analysis on the promoter and comparative analysis with other species has revealed regions of regulatory element motifs that may indicate important regulatory effects on the gene.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».