Phylogeographic variation among isolates of the<i>Sirococcus conigenus</i>P group
Notice bibliographique
Résumé
Summary In this study the phylogeographic variation among isolates of theSirococcus conigenusP group and the phylogenetic relationships ofS. conigenuswithSirococcus clavigignenti‐juglandacearumand other species previously placed in the genusSirococcuswere investigated. A collection of 33 isolates originating fromPicea,PinusandLarixin Europe, North America and Bhutan were characterized by sequence analyses of the internal transcribed spacer (ITS) region (including ITS1, 5.8S ribosomal DNA, ITS2) of the nuclear rDNA and a portion of theβ‐tubulin gene. In phylogenetic analyses most isolates from pine, spruce and larch formed a distinct clade, representing the P group ofS. conigenus, which was separated from the T group of this pathogen. Four isolates fromPiceain Europe and Canada formed a third clade withinS. conigenusand these isolates are referred to as the S group. The P group consisted of five distinct ITS haplotypes, which partly differed in their optimum growth temperature and their growth rates at 25°C on malt extract agar. Nested clade analysis resolved the five haplotypes into three distinct clades and revealed significant genetic/geographic associations for some of the haplotypes. Parsimony analysis of the small subunit (18S) ribosomal DNA sequences confirmed the phylogenetic affinities betweenS. conigenusandS. clavigignenti‐juglandacearum. In contrast,Godronia cassandraeandHormococcus conorum, which formerly had been placed in the genusSirococcus, were found to be only distantly related toS. conigenusandS. clavigignenti‐juglandacearum.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».