Radiation Hybrid Maps of Medaka Chromosomes LG 12, 17, and 22
Notice bibliographique
Résumé
The Medaka is an excellent genetic system for studies of vertebrate development and disease and environmental and evolutionary biology studies. To facilitate the mapping of markers or the cloning of affected genes in Medaka mutants identified by forward-genetic screens, we have established a panel of whole-genome radiation hybrids (RHs) and RH maps for three Medaka chromosomes. RH mapping is useful, since markers to be mapped need not be polymorphic and one can establish the order of markers that are difficult to resolve by genetic mapping owing to low genetic recombination rates. RHs were generated by fusing the irradiated donor, OLF-136 Medaka cell line, with the host B78 mouse melanoma cells. Of 290 initial RH clones, we selected 93 on the basis of high retention of fragments of the Medaka genome to establish a panel that allows genotyping in the 96-well format. RH maps for linkage groups 12, 17, and 22 were generated using 159 markers. The average retention for the three chromosomes was 19% and the average break point frequency was approximately 33 kb/cR. We estimate the potential resolution of the RH panel to be approximately 186 kb, which is high enough for integrating RH data with bacterial artificial chromosome clones. Thus, this first RH panel will be a useful tool for mapping mutated genes in Medaka.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».