Phylogeny of Na<sup>+</sup>/Ca<sup>2+</sup>exchanger (NCX) genes from genomic data identifies new gene duplications and a new family member in fish species
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Notice bibliographique
Résumé
The Na+/Ca2+ exchanger (NCX) is a member of the cation/Ca2+ antiporter (CaCA) family and plays a key role in maintaining cellular Ca2+ homeostasis in a variety of cell types. NCX is present in a diverse group of organisms and exhibits high overall identity across species. To date, three separate genes, i.e., NCX1, NCX2, and NCX3, have been identified in mammals. However, phylogenetic analysis of the exchanger has been hindered by the lack of nonmammalian NCX sequences. In this study, we expand and diversify the list of NCX sequences by identifying NCX homologs from whole-genome sequences accessible through the Ensembl Genome Browser. We identified and annotated 13 new NCX sequences, including 4 from zebrafish, 4 from Japanese pufferfish, 2 from chicken, and 1 each from honeybee, mosquito, and chimpanzee. Examination of NCX gene structure, together with construction of phylogenetic trees, provided novel insights into the molecular evolution of NCX and allowed us to more accurately annotate NCX gene names. For the first time, we report the existence of NCX2 and NCX3 in organisms other than mammals, yielding the hypothesis that two serial NCX gene duplications occurred around the time vertebrates and invertebrates diverged. In addition, we have found a putative new NCX protein, named NCX4, that is related to NCX1 but has been observed only in fish species genomes. These findings present a stronger foundation for our understanding of the molecular evolution of the NCX gene family and provide a framework for further NCX phylogenetic and molecular studies.
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle