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Enregistrement W2109946581 · doi:10.1371/journal.pgen.1004228

Genome-Wide Diet-Gene Interaction Analyses for Risk of Colorectal Cancer

2014· article· en· W2109946581 sur OpenAlex
Jane C. Figueiredo, Li Hsu, Carolyn M. Hutter, Yi Lin, Peter T. Campbell, John A. Baron, Sonja I. Berndt, Shuo Jiao, Graham Casey, Barbara K. Fortini, Andrew T. Chan, Michelle Cotterchio, Mathieu Lemire, Steven Gallinger, Tabitha A. Harrison, Loı̈c Le Marchand, Polly A. Newcomb, Martha L. Slattery, Bette J. Caan, Christopher S. Carlson, Brent W. Zanke, Stephanie A. Rosse, Hermann Brenner, Edward L. Giovannucci, Kana Wu, Jenny Chang‐Claude, Stephen J. Chanock, Keith R. Curtis, David Duggan, Jian Gong, Robert W. Haile, Richard B. Hayes, Michael Hoffmeister, John L. Hopper, Mark A. Jenkins, Laurence N. Kolonel, Conghui Qu, Anja Rudolph, Robert E. Schoen, Fredrick R. Schumacher, Daniela Seminara, Deanna L. Stelling, Stephen N. Thibodeau, Mark Thornquist, Greg S. Warnick, Brian E. Henderson, Cornelia M. Ulrich, W. James Gauderman, John D. Potter, Emily White, Ulrike Peters

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevuePLoS Genetics · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueNutrition, Genetics, and Disease
Établissements canadiensUniversity of OttawaToronto General HospitalUniversity Health NetworkOntario Institute for Cancer ResearchCancer Care Ontario
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Institute on AgingU.S. Department of Health and Human ServicesNational Institutes of HealthCanadian Cancer Society Research InstituteCanadian Institutes of Health ResearchU.S. Public Health ServiceBundesministerium für Bildung und ForschungDeutsche ForschungsgemeinschaftNational Human Genome Research InstituteOntario Institute for Cancer ResearchOntario Ministry of Research and InnovationNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesJohns Hopkins UniversityDivision of Cancer Prevention, National Cancer Institute
Mots-clésColorectal cancerBiologyRed meatGene–environment interactionGenotypeQuartileCancerLogistic regressionSingle-nucleotide polymorphismGeneticsInternal medicineGeneMedicineFood scienceConfidence interval

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Dietary factors, including meat, fruits, vegetables and fiber, are associated with colorectal cancer; however, there is limited information as to whether these dietary factors interact with genetic variants to modify risk of colorectal cancer. We tested interactions between these dietary factors and approximately 2.7 million genetic variants for colorectal cancer risk among 9,287 cases and 9,117 controls from ten studies. We used logistic regression to investigate multiplicative gene-diet interactions, as well as our recently developed Cocktail method that involves a screening step based on marginal associations and gene-diet correlations and a testing step for multiplicative interactions, while correcting for multiple testing using weighted hypothesis testing. Per quartile increment in the intake of red and processed meat were associated with statistically significant increased risks of colorectal cancer and vegetable, fruit and fiber intake with lower risks. From the case-control analysis, we detected a significant interaction between rs4143094 (10p14/near GATA3) and processed meat consumption (OR = 1.17; p = 8.7E-09), which was consistently observed across studies (p heterogeneity = 0.78). The risk of colorectal cancer associated with processed meat was increased among individuals with the rs4143094-TG and -TT genotypes (OR = 1.20 and OR = 1.39, respectively) and null among those with the GG genotype (OR = 1.03). Our results identify a novel gene-diet interaction with processed meat for colorectal cancer, highlighting that diet may modify the effect of genetic variants on disease risk, which may have important implications for prevention.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,025
Score d'incertitude au seuil0,677

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,303
Écart entre enseignants0,278 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle