Direct genotyping of the poplar leaf rust fungus, <i>Melampsora medusae</i> f. sp. <i>deltoidae</i>, using codominant PCR‐SSCP markers
Notice bibliographique
Résumé
Summary Two anonymous DNA markers that are revealed by single‐strand conformational polymorphism (SSCP) analysis were developed for detection of polymorphisms in Melampsora medusae f. sp. deltoidae (Mmd). Mono‐uredinial isolates of Mmd were first obtained, DNA was extracted from urediniospores and random amplified polymorphic DNA (RAPD) products of eight mono‐uredinial isolates were separated on a SSCP gel to identify differences among them. Bands representing putative polymorphic loci among the eight isolates tested were excised from the SSCP gel and re‐amplified by polymerase chain reaction (PCR), and then cloned and sequenced. A primer pair was designed to amplify a DNA fragment of a size suitable for SSCP analysis (<600 bp) for two out of three DNA fragments sequenced. Each set of primers amplified a PCR product for all eight isolates that were initially used to generate them and the resulting PCR products were analysed by SSCP. Polymorphisms among isolates were identified for both putative loci. The two primer pairs amplified a PCR product of the expected size on an additional 32 mono‐uredinial isolates of Mmd tested. From the overall 40 mono‐uredinial isolates tested, 5 and 11 alleles were detected, and 12 and 34 isolates showed to be heterozygous, as indicated by the presence of more than two bands on the SSCP gel, at loci A and B, respectively. The primer pairs were tested for specificity against 106 fungal isolates belonging to various taxa, including other rusts, and against DNA extracted from greenhouse‐grown healthy poplar leaves. DNA amplification products of the expected size were obtained only when Mmd DNA was present. Optimization of PCR conditions with these two primer pairs allowed genotyping directly from single uredinia extracted from infected leaves, thus alleviating the need to culture the fungus to characterize individuals, hence making it possible to process large numbers of samples for population studies.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».