Notice bibliographique
Résumé
Lateral gene transfer has emerged as an important force in bacterial evolution. A substantial number of genes can be inserted into or deleted from genomes through the process of lateral transfer. In this study, we looked for atypical occurrence of genes among related organisms to detect laterally transferred genes. We have analyzed 50 bacterial complete genomes from nine groups. For each group we use a 16s rRNA phylogeny and a comparison of protein similarity to map gene insertions/deletions onto their species phylogeny. The results reveal that there is poor correlation of genes inserted, deleted, and duplicated with evolutionary branch length. In addition, the numbers of genes inserted, deleted, or duplicated within the same branch are not always correlated with each other. Nor is there any similarity within groups. For example, in the Rhizobiales group, the ratio of insertions to deletions in the evolutionary branch leading to Agrobacterium tumefaciens str. C58 (Cereon) is 0.52, but it is 39.52 for Mesorhizobium loti. Most strikingly, the number of insertions of foreign genes is much larger in the external branches of the trees. These insertions also greatly outnumber the occurrence of deletions, and yet the genome sizes of these bacteria remain roughly constant. This indicates that many of the insertions are specific to each organism and are lost before related species can evolve. Simulations of the process of insertion and deletion, tailored to each phylogeny, support this conclusion.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».