Complete genomes of three subtype 6t isolates and analysis of many novel hepatitis C virus variants within genotype 6
Notice bibliographique
Résumé
In this study, the complete genomic sequence was determined for three hepatitis C virus variants (VT21, TV241 and TV249) of genotype 6 that do not classify within the established subtypes. All three genomes were isolated from patients in Vietnam and sequenced using 100 microl of serum. They showed 91.4-93.6% nucleotide similarities to each other but only 71.7-79.4% similarities to 17 reference sequences representing subtypes 6a-6q and to isolates km41 and gz52557. VT21, TV241 and TV249 displayed genome lengths of 9407, 9460 and 9445 nt, respectively. All three isolates contained a single open reading frame of 9051 nt while the 5'UTRs and 3'UTRs were 324-338 nt and 32-71 nt, respectively. They shared common sizes with QC227/6o and QC216/6p isolates in all ten protein regions. Phylogenetic analyses demonstrated that VT21, TV241 and TV249 clustered independently and were assigned subtype 6t, following the recent designations of 6r and 6s. Analysis of partial genomic sequences available for genotype 6 variants revealed five additional subtype 6t isolates, all originating from Vietnam. This analysis revealed two additional groups of isolates, and at least seven novel variants analogous to km41 and gz52557 that group independently and do not classify within the subtypes 6a-6t. This suggests the existence of at least 11 additional subtypes for genotype 6. In addition, the existence of isolates showing genetic distances greater than those within subtypes, but lesser than those between subtypes, raises interesting questions regarding the classification of HCV.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».