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Enregistrement W2110518176 · doi:10.1021/cb500728h

Reconstruction of Cladoniamide Biosynthesis Reveals Nonenzymatic Routes to Bisindole Diversity

2014· article· en· W2110518176 sur OpenAlexafffund
Yi‐Ling Du, David E. Williams, Brian O. Patrick, Raymond J. Andersen, Katherine S. Ryan

Notice bibliographique

RevueACS Chemical Biology · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueMicrobial Natural Products and Biosynthesis
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanadian Institutes of Health ResearchGrand Challenges CanadaGenome British ColumbiaMichael Smith Health Research BC
Mots-clésChemistrySuccinimideStereochemistryBiosynthesisCombinatorial chemistryEnzymeOrganic chemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Indolotryptolines are bisindole natural products isolated from microbial and eDNA sources. Here, we report the sequence of transformations that convert an indolocarbazole to the indolotryptoline cladoniamide through reconstruction of the four-enzyme cascade in E. coli. This cascade involves, first, conversion of an indolocarbozole to a C4c-C7a cis diol by ClaX1; second, N-methylation by ClaM1; third, rearrangement to the indolotryptoline scaffold by ClaX2; and fourth, installation of an O-methyl group by ClaM3. We furthermore elucidate the origins of minor cladoniamides D-G as the products of nonenzymatic, base-catalyzed opening of the succinimide ring of cladonimiades A-B. Overall, this work reveals the precarious pathway indolocarbazole-derived metabolites must traverse as they are converted into indolotryptoline products and highlights the importance of nonenzymatic chemistry in generating bisindole diversity.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,036
Score d'incertitude au seuil0,384

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,240
Écart entre enseignants0,225 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations23
Publié2014
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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