Refinement of breast cancer classification by molecular characterization of histological special types
Notice bibliographique
Résumé
Most invasive breast cancers are classified as invasive ductal carcinoma not otherwise specified (IDC NOS), whereas about 25% are defined as histological 'special types'. These special-type breast cancers are categorized into at least 17 discrete pathological entities; however, whether these also constitute discrete molecular entities remains to be determined. Current therapy decision-making is increasingly governed by the molecular classification of breast cancer (luminal, basal-like, HER2+). The molecular classification is derived from mainly IDC NOS and it is unknown whether this classification applies to all histological subtypes. We aimed to refine the breast cancer classification systems by analysing a series of 11 histological special types [invasive lobular carcinoma (ILC), tubular, mucinous A, mucinous B, neuroendocrine, apocrine, IDC with osteoclastic giant cells, micropapillary, adenoid cystic, metaplastic, and medullary carcinoma] using immunohistochemistry and genome-wide gene expression profiling. Hierarchical clustering analysis confirmed that some histological special types constitute discrete entities, such as micropapillary carcinoma, but also revealed that others, including tubular and lobular carcinoma, are very similar at the transcriptome level. When classified by expression profiling, IDC NOS and ILC contain all molecular breast cancer types (ie luminal, basal-like, HER2+), whereas histological special-type cancers, apart from apocrine carcinoma, are homogeneous and only belong to one molecular subtype. Our analysis also revealed that some special types associated with a good prognosis, such as medullary and adenoid cystic carcinomas, display a poor prognosis basal-like transcriptome, providing strong circumstantial evidence that basal-like cancers constitute a heterogeneous group. Taken together, our results imply that the correct classification of breast cancers of special histological type will allow a more accurate prognostication of breast cancer patients and facilitate the identification of optimal therapeutic strategies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».