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Enregistrement W2110578136 · doi:10.1021/bi8005576

Structure of Human Pancreatic Lipase-Related Protein 2 with the Lid in an Open Conformation<sup>,</sup>

2008· article· en· W2110578136 sur OpenAlex
Cécilia Eydoux, Silvia Spinelli, Tara L. Davis, John R. Walker, Alma Seitova, Sirano Dhe‐Paganon, Alain De, Christian Cambillau, Frédéric Carrière

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueBiochemistry · 2008
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEnzyme Catalysis and Immobilization
Établissements canadiensStructural Genomics Consortium
Organismes subventionnairesBasic Energy SciencesOffice of ScienceInstitute of Microbiology, Chinese Academy of SciencesWellcome TrustU.S. Department of Energy
Mots-clésChemistryLipaseCrystallographyGalactolipidsAmphiphileStereochemistryCrystal structureBiophysicsEnzymeBiochemistryOrganic chemistryBiologyCopolymer

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Access to the active site of pancreatic lipase (PL) is controlled by a surface loop, the lid, which normally undergoes conformational changes only upon addition of lipids or amphiphiles. Structures of PL with their lids in the open and functional conformation have required cocrystallization with amphiphiles. Here we report two crystal structures of wild-type and unglycosylated human pancreatic lipase-related protein 2 (HPLRP2) with the lid in an open conformation in the absence of amphiphiles. These structures solved independently are strikingly similar, with some residues of the lid being poorly defined in the electron-density map. The open conformation of the lid is however different from that previously observed in classical liganded PL, suggesting different kinetic properties for HPLRP2. Here we show that the HPLRP2 is directly inhibited by E600, does not present interfacial activation, and acts preferentially on substrates forming monomers or small aggregates (micelles) dispersed in solution like monoglycerides, phospholipids and galactolipids, whereas classical PL displays reverse properties and a high specificity for unsoluble substrates like triglycerides and diglycerides forming oil-in-water interfaces. These biochemical properties imply that the lid of HPLRP2 is likely to spontaneously adopt in solution the open conformation observed in the crystal structure. This open conformation generates a large cavity capable of accommodating the digalactose polar head of galactolipids, similar to that previously observed in the active site of the guinea pig PLRP2, but absent from the classical PL. Most of the structural and kinetic properties of HPLRP2 were found to be different from those of rat PLRP2, the structure of which was previously obtained with the lid in a closed conformation. Our findings illustrate the essential role of the lid in determining the substrate specificity and the mechanism of action of lipases.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,394

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,236
Écart entre enseignants0,228 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle