Sim<scp>RAD</scp>: an R package for simulation‐based prediction of the number of loci expected in <scp>RAD</scp>seq and similar genotyping by sequencing approaches
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Application of high-throughput sequencing platforms in the field of ecology and evolutionary biology is developing quickly with the introduction of efficient methods to reduce genome complexity. Numerous approaches for genome complexity reduction have been developed using different combinations of restriction enzymes, library construction strategies and fragment size selection. As a result, the choice of which techniques to use may become cumbersome, because it is difficult to anticipate the number of loci resulting from each method. We developed SimRAD, an R package that performs in silico restriction enzyme digests and fragment size selection as implemented in most restriction site associated DNA polymorphism and genotyping by sequencing methods. In silico digestion is performed on a reference genome or on a randomly generated DNA sequence when no reference genome sequence is available. SimRAD accurately predicts the number of loci under alternative protocols when a reference genome sequence is available for the targeted species (or a close relative) but may be unreliable when no reference genome is available. SimRAD is also useful for fine-tuning a given protocol to adjust the number of targeted loci. Here, we outline the functionality of SimRAD and provide an illustrative example of the use of the package (available on the CRAN at http://cran.r-project.org/web/packages/SimRAD).
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle