MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2110641286 · doi:10.1093/hmg/dds158

Identification of a novel percent mammographic density locus at 12q24

2012· review· en· W2110641286 sur OpenAlexaff
Kristen N. Stevens, Sara Lindström, Christopher G. Scott, Deborah J. Thompson, Thomas A. Sellers, Xianshu Wang, Alice Wang, Elizabeth J. Atkinson, David N. Rider, Jeanette E. Eckel‐Passow, Jajini S. Varghese, Tina Audley, Judith Brown, Jean Leyland, Robert Luben, Ruth Warren, Ruth J. F. Loos, Nicholas J. Wareham, Jingmei Li, Per Hall, Jianjun Liu, Louise Eriksson, Kamila Czene, Janet E. Olson, V. Shane Pankratz, Zachary Fredericksen, Robert B. Diasio, Adam M. Lee, John A. Heit, Mariza deAndrade, Ellen L. Goode, Robert A. Vierkant, Julie M. Cunningham, Sebastian M. Armasu, Richard M. Weinshilboum, Brooke L. Fridley, Anthony Batzler, James N. Ingle, Norman F. Boyd, Andrew D. Paterson, Johanna M. Rommens, Lisa Martin, John L. Hopper, Melissa C. Southey, Jennifer Stone, Carmel Apicella, Peter Kraft, Susan E. Hankinson, Aditi Hazra, David J. Hunter, Douglas F. Easton, Fergus J. Couch, Rulla M. Tamimi, Celine M. Vachon

Notice bibliographique

RevueHuman Molecular Genetics · 2012
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensHospital for Sick ChildrenUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesNational Human Genome Research InstituteCenters for Disease Control and PreventionNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Institute for Health and Care ResearchBritish Heart FoundationNational Cancer InstituteCancer Research UK
Mots-clésBiologyGenome-wide association studyLocus (genetics)GeneticsSingle-nucleotide polymorphismBreast cancerGenetic associationGeneQuantitative trait locusBody mass indexCancerGenotypeEndocrinology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Percent mammographic density adjusted for age and body mass index (BMI) is one of the strongest risk factors for breast cancer and has a heritable component that remains largely unidentified. We performed a three-stage genome-wide association study (GWAS) of percent mammographic density to identify novel genetic loci associated with this trait. In stage 1, we combined three GWASs of percent density comprised of 1241 women from studies at the Mayo Clinic and identified the top 48 loci (99 single nucleotide polymorphisms). We attempted replication of these loci in 7018 women from seven additional studies (stage 2). The meta-analysis of stage 1 and 2 data identified a novel locus, rs1265507 on 12q24, associated with percent density, adjusting for age and BMI (P = 4.43 × 10(-8)). We refined the 12q24 locus with 459 additional variants (stage 3) in a combined analysis of all three stages (n = 10 377) and confirmed that rs1265507 has the strongest association in the 12q24 region (P = 1.03 × 10(-8)). Rs1265507 is located between the genes TBX5 and TBX3, which are members of the phylogenetically conserved T-box gene family and encode transcription factors involved in developmental regulation. Understanding the mechanism underlying this association will provide insight into the genetics of breast tissue composition.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,980
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,050
Tête enseignante GPT0,330
Écart entre enseignants0,280 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations35
Publié2012
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueHuman Molecular GeneticsMême sujetGenetic Associations and EpidemiologyTravaux en français237 207