Locating missing water molecules in protein cavities by the three‐dimensional reference interaction site model theory of molecular solvation
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Notice bibliographique
Résumé
Water molecules confined in protein cavities are of great importance in understanding the protein structure and functions. However, it is a nontrivial task to locate such water molecules in protein by the ordinary molecular simulation and modeling techniques as well as experimental methods. The present study proves that the three-dimensional reference interaction site model (3D-RISM) theory, a recently developed statistical-mechanical theory of molecular solvation, has an outstanding advantage in locating such water molecules. In this paper, we demonstrate that the 3D-RISM theory is able to reproduce the structure and the number of water molecules in cavities of hen egg-white lysozyme observed commonly in the X-ray structures of different resolutions and conditions. Furthermore, we show that the theory successfully identified a water molecule in a cavity, the existence of which has been ambiguous even from the X-ray results. In contrast, we confirmed that molecular dynamics simulation is helpless at present to find such water molecules because the results substantially depend on the initial coordinates of water molecules. Possible applications of the theory to problems in the fields of biochemistry and biophysics are also discussed.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle