Estimating the correlation of non-allele descents along chromosomes
Notice bibliographique
Résumé
The pattern of the correlation of non-allele descents among linked sites is an important aspect for an insight into the genomic evolution at the population level. Here, we present a new statistical method for estimating two types of non-allele descent correlations. One is the standardized parental descent disequilibrium termed by Cockerham & Weir (1973), the other is the standardized disequilibrium between non-allele descent segments from the same chromosome. Essential to this analysis is the partitioning of the joint identity-by-state probability for a random pair of non-allele gametes into the different components of identity by descents at the two or three sites. We consider the samples of phased haplotypes of single nucleotide polymorphism (SNP) markers and the weighted least square method for fast parameter estimation. Monte Carlo simulations demonstrate that robustly unbiased estimates with appropriate precisions can be obtained with certain sample sizes, ~100 diploids, under the impacts of allele frequency distributions and linkage disequilibrium. This method can be used to construct the maps of non-allele descent correlation blocks for the population whose genetic pedigree is not required on a prior basis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».