M Types of Group A Streptococcal Isolates Submitted to the National Centre for Streptococcus (Canada) from 1993 to 1999
Notice bibliographique
Résumé
The National Centre for Streptococcus (NCS) (Canada) determined the group A streptococcal (GAS) M types of 4,760 Canadian isolates submitted between 1993 and 1999 by classic serotyping. The 10 most frequently identified M types were M1 (26.4%), M12 (9.8%), M28 (8.9%), M3 (6.8%), M4 (6.2%), M11 (4.8%), M89 (3.1%), M6 (3.0%), M2 (2.6%), and M77 (1.9%). Nontypeable isolates accounted for 15.4% of the collection. The province of Ontario submitted 51.1% of the isolates, followed by Quebec (21.2%) and Alberta (13.9%). Together, these three provinces constituted 71.3% of the Canadian population in 1996. The numbers of M types M1, M12, M28, and M3 occurred most frequently in subjects whose ages were <1 to 15 years and 25 to 45 years, as well as in the elderly (60 to 90 years). Further analysis found that the four most frequently identified M types from blood, brain, and cerebrospinal fluid were M1 (28.2%), M28 (9.2%), M12 (9.1%), and M3 (8.2%), with 13.4% of isolates being nontypeable. The four isolates from throats most frequently identified were M1 (19.5%), M12 (15.3%), M3 (8.6%), and M28 (5%) with 19.4% of isolates being nontypeable. The sic gene of a subset of M1 strains (9.5% of the M1 collection) was sequenced. Of 36 sic types identified, the four most common were sic1.01 (22.8%), sic1.02 (14.9%), sic1.135 (10.5%), and sic1.178 (9.6%). Together these four sic types further characterized nearly 60% of the M1 strains sequenced. In summary, from the years 1993 to 1999, the NCS detected 54 M types, of which 10 different M types constituted 73.5% of the collection. M1 was the most common GAS M type circulating in the Canadian population, responsible for more than a quarter of the isolates typed. The most common throat isolates differed in M-type and proportion from those of invasive isolates. Sequencing the sic gene further characterized the most common M-type serotype 1 in a fashion that may be useful for epidemiologic investigations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».