MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2111365072 · doi:10.1042/bj20021455

Sulphoacetaldehyde acetyltransferase yields acetyl phosphate: purification from Alcaligenes defragrans and gene clusters in taurine degradation

2003· article· en· W2111365072 sur OpenAlexfundno aff
Jürgen Ruff, Karin Denger, Alasdair M. Cook

Notice bibliographique

RevueBiochemical Journal · 2003
Typearticle
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueEnvironmental Chemistry and Analysis
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesUniversität KonstanzEuropean CommissionUniversität BielefeldQueen's UniversityUniversity of Warwick
Mots-clésBiochemistrySinorhizobium melilotiAcetyltransferaseBiologyGene clusterGeneChemistryMutant

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The facultatively anaerobic bacterium Alcaligenes defragrans NKNTAU was found to oxidize taurine (2-aminoethanesulphonate) with nitrate as the terminal electron acceptor. Taurine was transaminated to 2-sulphoacetaldehyde. This was not converted into sulphite and acetate by a "sulphoacetaldehyde sulpho-lyase" (EC 4.4.1.12), but into sulphite and acetyl phosphate, which was identified by three methods. The enzyme, which required the addition of phosphate, thiamin diphosphate and Mg(2+) ions for activity, was renamed sulphoacetaldehyde acetyltransferase (Xsc; EC 2.3.1.-). Inducible Xsc was expressed at high levels, and a three-step 11-fold purification yielded an essentially homogeneous soluble protein, which was a homotetramer in its native form; the molecular mass of the subunit was found to be between about 63 kDa (SDS/PAGE) and 65.3 kDa (matrix-assisted laser-desorption ionization-time-of-flight MS). The N-terminal and two internal amino acid sequences were determined, and PCR primers were generated. The xsc gene was amplified and sequenced; the derived molecular mass of the processed protein was 65.0 kDa. The downstream gene presumably encoded the inducible phosphate acetyltransferase (Pta) found in crude extracts. The desulphonative enzymes ("EC 4.4.1.12") from Achromobacter xylosoxidans NCIMB 10751 and Desulfonispora thiosulfatigenes GKNTAU were shown to be Xscs. We detected at least three subclasses of xsc in Proteobacteria and in Gram-positive bacteria, and they comprised a distinct group within the acetohydroxyacid synthase supergene family. Genome sequencing data revealed xsc genes in Burkholderia fungorum (80% sequence identity) and Sinorhizobium meliloti (61%) with closely linked pta genes. Different patterns of regulation for the transport and dissimilation of taurine were hypothesized for S. meliloti and B. fungorum.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,010

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,198
Écart entre enseignants0,191 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations80
Publié2003
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueBiochemical JournalMême sujetEnvironmental Chemistry and AnalysisTravaux en français237 207