Relaxing the Molecular Clock to Different Degrees for Different Substitution Types
Notice bibliographique
Résumé
Rates of molecular evolution can vary over time. Diverse statistical techniques for divergence time estimation have been developed to accommodate this variation. These typically require that all sequence (or codon) positions at a locus change independently of one another. They also generally assume that the rates of different types of nucleotide substitutions vary across a phylogeny in the same way. This permits divergence time estimation procedures to employ an instantaneous rate matrix with relative rates that do not differ among branches. However, previous studies have suggested that some substitution types (e.g., CpG to TpG changes in mammals) are more clock-like than others. As has been previously noted, this is biologically plausible given the mutational mechanism of CpG to TpG changes. Through stochastic mapping of sequence histories from context-independent substitution models, our approach allows for context-dependent nucleotide substitutions to change their relative rates over time. We apply our approach to the analysis of a 0.15 Mb intergenic region from eight primates. In accord with previous findings, we find comparatively little rate variation over time for CpG to TpG substitutions but we find more for other substitution types. We conclude by discussing the limitations and prospects of our approach.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,021 | 0,060 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».