Cloning of a muscle-specific calpain from the American lobster<i>Homarus americanus</i>: expression associated with muscle atrophy and restoration during moulting
Notice bibliographique
Résumé
A cDNA (1977 bp) encoding a crustacean calpain (Ha-CalpM; GenBank accession no. AY124009) was isolated from a lobster fast muscle cDNA library. The open reading frame specified a 575-amino acid (aa) polypeptide with an estimated mass of 66.3 kDa. Ha-CalpM shared high identity with other calpains in the cysteine proteinase domain (domain II; aa 111-396) and domain III (aa 397-575), but most of the N-terminal domain (domain I; aa 1-110) was highly divergent. Domain II contained the cysteine, histidine and asparagine triad essential for catalysis, as well as two conserved aspartate residues that bind Ca(2+). In domain III an acidic loop in the C2-like region, which mediates Ca(2+)-dependent phospholipid binding, had an expanded stretch of 17 aspartate residues. Ha-CalpM was classified as a non-EF-hand calpain, as it lacked domain IV, a calmodulin-like region containing five EF-hand motifs. Northern blot analysis, relative reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) and real-time PCR showed that Ha-CalpM was highly expressed in skeletal muscles, but at much lower levels in heart, digestive gland, intestine, integument, gill, nerve cord/thoracic ganglion and antennal gland. An antibody raised against a unique N-terminal sequence recognized a 62 kDa isoform in cutter claw and crusher claw closer muscles and a 68 kDa isoform in deep abdominal muscle. Ha-CalpM was distributed throughout the cytoplasm, as well as in some nuclei, of muscle fibers. Purification of Ha-CalpM showed that the 62 kDa and 68 kDa isoforms co-eluted from gel filtration and ion exchange columns at positions consistent with those of previously described Ca(2+)-dependent proteinase III (CDP III; 59 kDa). Ha-CalpM mRNA and protein did not change during the moulting cycle. The muscle-specific expression of Ha-CalpM and the ability of Ha-CalpM/CDP III to degrade myofibrillar proteins suggest that it is involved in restructuring and/or maintaining contractile structures in crustacean skeletal muscle.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».