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Enregistrement W2111586665 · doi:10.1165/rcmb.2007-0186oc

Identification of Transforming Growth Factor β1–Driven Genetic Programs of Acute Lung Fibrosis

2008· article· en· W2111586665 sur OpenAlexaff
Anne-Marie Pulichino, I‐Ming Wang, Alexandre Caron, James R. Mortimer, Anick Auger, Yves Boie, Jack A. Elias, Aileen Kartono, Lijing Xu, Joseph P. Menetski, Camil E. Sayegh

Notice bibliographique

RevueAmerican Journal of Respiratory Cell and Molecular Biology · 2008
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueInterstitial Lung Diseases and Idiopathic Pulmonary Fibrosis
Établissements canadiensMerck Canada Inc. (Canada)
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésIdentification (biology)Transforming growth factorMedicineFibrosisLungComputational biologyPulmonary fibrosisInternal medicineBioinformaticsBiologyComputer science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Lung fibrosis is characterized by excessive accumulation of extracellular matrix components leading to progressive airflow limitation. Distinct profibrotic pathways converge on the activation of transforming growth factor-beta (TGF-beta), a central growth factor implicated in most fibroproliferative diseases. Recently, enforced expression of bioactive human TGF-beta1 (hTGF-beta1) in lungs of transgenic mice was shown to recapitulate several key pathophysiologies observed in fibrotic disorders of the lung, including cellular inflammation, tissue fibrosis, and myofibroblast hyperplasia. Inducible expression of hTGF-beta1 in this system provided a unique opportunity to characterize TGF-beta-driven mechanisms that precede and/or follow the onset of inflammation and fibrosis. Using gene expression profiling in lungs, we demonstrate temporal activation of key genetic programs regulating cell movement and invasiveness, inflammation, organ remodeling, and fibrosis. Consistent with our gene expression data, multiple soluble mediators associated with inflammation and tissue remodeling were markedly elevated in the bronchoalveolar lavage fluid of mice expressing hTGF-beta1. We observe significant TGF-beta1-driven infiltration of F4/80+ mononuclear cells producing bioactive arginase, a marker of alternatively activated macrophages. Finally, we identified a common "fibrosis" gene signature when comparing our findings with published data derived from preclinical and clinical studies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,254
Écart entre enseignants0,247 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations53
Publié2008
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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