Identification of <i>N</i> ‐glycans from Ebola virus glycoproteins by matrix‐assisted laser desorption/ionisation time‐of‐flight and negative ion electrospray tandem mass spectrometry
Notice bibliographique
Résumé
The larger fragment of the transmembrane glycoprotein (GP1) and the soluble glycoprotein (sGP) of Ebola virus were expressed in human embryonic kidney cells and the secreted products were purified from the supernatant for carbohydrate analysis. The N-glycans were released with PNGase F from within sodium dodecyl sulphate/polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) gels. Identification of the glycans was made with normal-phase high-performance liquid chromatography (HPLC), matrix-assisted laser desorption/ionisation mass spectrometry, negative ion electrospray ionisation fragmentation mass spectrometry and exoglycosidase digestion. Most glycans were complex bi-, tri- and tetra-antennary compounds with reduced amounts of galactose. No bisected compounds were detected. Triantennary glycans were branched on the 6-antenna; fucose was attached to the core GlcNAc residue. Sialylated glycans were present on sGP but were largely absent from GP1, the larger fragment of the transmembrane glycoprotein. Consistent with this was the generally higher level of processing of carbohydrates found on sGP as evidenced by a higher percentage of galactose and lower levels of high-mannose glycans than were found on GP1. These results confirm and expand previous findings on partial characterisation of the Ebola virus transmembrane glycoprotein. They represent the first detailed data on carbohydrate structures of the Ebola virus sGP.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».