Annotation of expressed sequence tags for the East African cichlid fish Astatotilapia burtoni and evolutionary analyses of cichlid ORFs
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The cichlid fishes in general, and the exceptionally diverse East African haplochromine cichlids in particular, are famous examples of adaptive radiation and explosive speciation. Here we report the collection and annotation of more than 12,000 expressed sequence tags (ESTs) generated from three different cDNA libraries obtained from the East African haplochromine cichlid species Astatotilapia burtoni and Metriaclima zebra. RESULTS: We first annotated more than 12,000 newly generated cichlid ESTs using the Gene Ontology classification system. For evolutionary analyses, we combined these ESTs with all available sequence data for haplochromine cichlids, which resulted in a total of more than 45,000 ESTs. The ESTs represent a broad range of molecular functions and biological processes. We compared the haplochromine ESTs to sequence data from those available for other fish model systems such as pufferfish (Takifugu rubripes and Tetraodon nigroviridis), trout, and zebrafish. We characterized genes that show a faster or slower rate of base substitutions in haplochromine cichlids compared to other fish species, as this is indicative of a relaxed or reinforced selection regime. Four of these genes showed the signature of positive selection as revealed by calculating Ka/Ks ratios. CONCLUSION: About 22% of the surveyed ESTs were found to have cichlid specific rate differences suggesting that these genes might play a role in lineage specific characteristics of cichlids. We also conclude that the four genes with a Ka/Ks ratio greater than one appear as good candidate genes for further work on the genetic basis of evolutionary success of haplochromine cichlid fishes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».