The RNA‐Cleaving Bipartite DNAzyme Is a Distinctive Metalloenzyme
Notice bibliographique
Résumé
Much interest has focused on the mechanisms of the five naturally occurring self-cleaving ribozymes, which, in spite of catalyzing the same reaction, adopt divergent strategies. These ribozymes, with the exception of the recently described glmS ribozyme, do not absolutely require divalent metal ions for their catalytic chemistries in vitro. A mechanistic investigation of an in vitro-selected, RNA-cleaving DNA enzyme, the bipartite, which catalyzes the same chemistry as the five natural self-cleaving ribozymes, found a mechanism of significant complexity. The DNAzyme showed a bell-shaped pH profile. A dissection of metal usage indicated the involvement of two catalytically relevant magnesium ions for optimal activity. The DNAzyme was able to utilize manganese(II) as well as magnesium; however, with manganese it appeared to function complexed to either one or two of those cations. Titration with hexaamminecobalt(III) chloride inhibited the activity of the bipartite; this suggests that it is a metalloenzyme that utilizes metal hydroxide as a general base for activation of its nucleophile. Overall, the bipartite DNAzyme appeared to be kinetically distinct not only from the self-cleaving ribozymes but also from other in vitro-selected, RNA-cleaving deoxyribozymes, such as the 8-17, 10-23, and 614.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».