Structure and Sequence Conservation of a Putative Hypoxia Response Element in the Lactate Dehydrogenase-B Gene of<i>Fundulus</i>
Notice bibliographique
Résumé
Many aquatic habitats are characterized by periodic or sustained episodes of low oxygen concentration, or hypoxia, and organisms that survive in these habitats do so by utilizing a suite of behavioral, physiological and biochemical adjustments to low oxygen (1-3). In the killifish Fundulus heteroclitus, one response to prolonged exposure to hypoxia is an increase in the activity of lactate dehydrogenase-B (LDH-B), the terminal enzyme of anaerobic glycolysis, in liver tissue (4). An increase in glycolytic enzyme activity also occurs in mammalian cells during hypoxia, a process due, in part, to increased rates of gene transcription mediated by the hypoxia-inducible transcription factor, HIF-1 (5). Given that a homolog of HIF-1 has been identified in fish (6), we hypothesized that HIF might be involved in the observed up-regulation of LDH-B in F. heteroclitus. Herein, we describe the presence of DNA elements in intron 2 of the Ldh-B gene from F. heteroclitus that resemble hypoxia response elements (HRE) describedfor mammalian genes (7-10). Specifically, over a region of approximately 50 base pairs we identified two consensus HIF-1 binding sites, as well as DNA elements that may bind other transcription factors (e.g., cyclic AMP response elements; CRE). We found that these sites were perfectly conserved among geographically diverse populations of F. heteroclitus, as well as being highly conserved among multiple species in the genus Fundulus. The spacing, orientation, and sequence conservation of these putative regulatory elements suggest that they may be functionally involved in the hypoxic regulation of Ldh-B in these fish.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».