MolCom: a method to compare protein molecules based on 3-D structural and chemical similarity
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
This paper describes an improved method for conducting global feature comparisons of protein molecules in three dimensions and for producing a new form of multiple structure alignment. Our automated MolCom method incorporates an octtree strategy to partition and examine molecular properties in three-dimensional space at multiple levels of analysis. The MolCom method's multiple alignment is in the form of an octtree which locates regions in three-dimensional space where correspondence between molecules is identified based on a dynamic set of molecular features. MolCom offers a practical solution to the inherent compromise between computational complexity and analytical detail. MolCom is currently the only method that can analyze and compare a series of defined physicochemical properties using multiple, simultaneous levels of resolution. It is also the only method that provides a consensus structure outlining precisely where the similarity exists in three-dimensional space. Using a modest-sized collection of structural properties, separate experiments were conducted to calibrate MolCom and to verify that the spatial analyses and resulting structure alignments accurately identified both similar and dissimilar structures. The accuracy of MolCom was found to be over 99% and the similarity scores correlated strongly with the z-scores of the Alignment by Incremental Combinatorial Extension of the Optimal Path method.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle