Comparison of ESTs from juvenile and adult phases of the giant unicellular green alga Acetabularia acetabulum
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Acetabularia acetabulum is a giant unicellular green alga whose size and complex life cycle make it an attractive model for understanding morphogenesis and subcellular compartmentalization. The life cycle of this marine unicell is composed of several developmental phases. Juvenile and adult phases are temporally sequential but physiologically and morphologically distinct. To identify genes specific to juvenile and adult phases, we created two subtracted cDNA libraries, one adult-specific and one juvenile-specific, and analyzed 941 randomly chosen ESTs from them. RESULTS: Clustering analysis suggests virtually no overlap between the two libraries. Preliminary expression data also suggests that we were successful at isolating transcripts differentially expressed between the two developmental phases and that many transcripts are specific to one phase or the other. Comparison of our EST sequences against publicly available sequence databases indicates that ESTs from the adult and the juvenile libraries partition into different functional classes. Three conserved sequence elements were common to several of the ESTs and were also found within the genomic sequence of the carbonic anhydrase1 gene from A. acetabulum. To date, these conserved elements are specific to A. acetabulum. CONCLUSIONS: Our data provide strong evidence that adult and juvenile phases in A. acetabulum vary significantly in gene expression. We discuss their possible roles in cell growth and morphogenesis as well as in phase change. We also discuss the potential role of the conserved elements found within the EST sequences in post-transcriptional regulation, particularly mRNA localization and/or stability.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».