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Enregistrement W2111913564 · doi:10.1371/journal.pone.0071043

An Integrated Peptide-Antigen Microarray on Plasmonic Gold Films for Sensitive Human Antibody Profiling

2013· article· en· W2111913564 sur OpenAlexfundno aff
Bo Zhang, Justin A. Jarrell, Jordan V. Price, Scott M. Tabakman, Yanguang Li, Ming Gong, Guosong Hong, Ju Feng, Paul J. Utz, Hongjie Dai

Notice bibliographique

RevuePLoS ONE · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAdvanced Biosensing Techniques and Applications
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Heart, Lung, and Blood InstituteCanadian Institutes of Health ResearchU.S. Public Health ServiceNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthDonald E. and Delia B. Baxter FoundationLupus Research AllianceNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesEuropean Commission
Mots-clésAntibody microarrayAntigenPeptidePeptide libraryProtein microarrayEpitopeDNA microarrayHistoneBiomarker discoveryMicroarrayProteomicsProtein Array AnalysisAntibodyComputational biologyBiologyMolecular biologyChemistryPeptide sequenceBiochemistryImmunologyGene expressionGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

High-throughput screening for interactions of peptides with a variety of antibody targets could greatly facilitate proteomic analysis for epitope mapping, enzyme profiling, drug discovery and biomarker identification. Peptide microarrays are suited for such undertaking because of their high-throughput capability. However, existing peptide microarrays lack the sensitivity needed for detecting low abundance proteins or low affinity peptide-protein interactions. This work presents a new peptide microarray platform constructed on nanostructured plasmonic gold substrates capable of metal enhanced NIR fluorescence enhancement (NIR-FE) by hundreds of folds for screening peptide-antibody interactions with ultrahigh sensitivity. Further, an integrated histone peptide and whole antigen array is developed on the same plasmonic gold chip for profiling human antibodies in the sera of systemic lupus erythematosus (SLE) patients, revealing that collectively a panel of biomarkers against unmodified and post-translationally modified histone peptides and several whole antigens allow more accurate differentiation of SLE patients from healthy individuals than profiling biomarkers against peptides or whole antigens alone.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,026
Tête enseignante GPT0,292
Écart entre enseignants0,265 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations31
Publié2013
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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