Development of a Species-Specific <i>fur</i> Gene-Based Method for Identification of the <i>Burkholderia cepacia</i> Complex
Notice bibliographique
Résumé
Burkholderia is an important bacterial genus with a complex taxonomy that contains species of both ecological and pathogenic importance, including nine closely related species collectively termed the Burkholderia cepacia complex (BCC). Unfortunately, 16S rRNA gene analysis has proven to be not sensitive enough to discriminate between species of the BCC. Alternative species identification strategies such as recA-based PCR followed by restriction fragment length polymorphism analysis, although initially useful, have proven to be inaccurate with the increasing species diversity of the BCC. recA gene sequence analysis is more discriminatory and corroborates other biochemical and polyphasic means of taxonomic differentiation. However, it is limited by the fact that certain BCC species are subdivided into discrete recA sequence subgroups that may confuse clinical diagnoses. In this study, an effective approach is described for the rapid differentiation of BCC species from both environmental and clinical sources by means of a single-locus sequencing and PCR assay using fur as a target gene that provides sequence phylogenies that are species specific and, with few exceptions, not divided into subspecies clusters. This assay is specific and can be used to correctly determine the species status of BCC strains tested following sequencing and amplification of the fur gene by both general and species-specific primers. Based on our results, this typing strategy is simpler than and as sensitive as established tests currently in use clinically. This assay is useful for the rapid, definitive identification of all nine current BCC species and potentially novel species groups.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».