The presence of the TAR RNA structure alters the programmed -1 ribosomal frameshift efficiency of the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) by modifying the rate of translation initiation
Notice bibliographique
Résumé
HIV-1 uses a programmed -1 ribosomal frameshift to synthesize the precursor of its enzymes, Gag-Pol. The frameshift efficiency that is critical for the virus replication, is controlled by an interaction between the ribosome and a specific structure on the viral mRNA, the frameshift stimulatory signal. The rate of cap-dependent translation initiation is known to be altered by the TAR RNA structure, present at the 5' and 3' end of all HIV-1 mRNAs. Depending upon its concentration, TAR activates or inhibits the double-stranded RNA-dependent protein kinase (PKR). We investigated here whether changes in translation initiation caused by TAR affect HIV-1 frameshift efficiency. CD4+ T cells and 293T cells were transfected with a dual-luciferase construct where the firefly luciferase expression depends upon the HIV-1 frameshift. Translation initiation was altered by adding TAR in cis or trans of the reporter mRNA. We show that HIV-1 frameshift efficiency correlates negatively with changes in the rate of translation initiation caused by TAR and mediated by PKR. A model is presented where changes in the rate of initiation affect the probability of frameshifting by altering the distance between elongating ribosomes on the mRNA, which influences the frequency of encounter between these ribosomes and the frameshift stimulatory signal.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».