Complete genomes for hepatitis C virus subtypes 6f, 6i, 6j and 6m: viral genetic diversity among Thai blood donors and infected spouses
Notice bibliographique
Résumé
In this study, the first complete genome sequences for hepatitis C virus (HCV) subtypes 6f, 6i, 6j and 6m, obtained from infected blood donors in Chiang Mai, Thailand, are reported. Pairwise genome-wide nucleotide similarities between some of these isolates were higher than the 75-80% value used previously to define different HCV subtypes. To investigate further, the entire genomes of four prototype isolates, Th602 (6i), Th553 (6j), B4/92 (6m) and D86/93 (6n), were sequenced. Pairwise comparison of these sequences gave a similar range of nucleotide similarities, thereby providing new information for HCV subtype classification. In order to study the hypothesis of interspousal HCV transmission, four additional complete HCV genome sequences were obtained from two infected Thai blood donors and their spouses, C-0044 and C-0046 (6f), and C-0192 and C-0185 (6m). Pairwise comparison of the sequences revealed that C-0044 and C-0046 share a nucleotide similarity of 98.1%, whilst C-0185 and C-0192 have a similarity of 97.8%. Several other studies of partial HCV sequences of different genomic regions from HCV-infected couples have shown nucleotide similarities ranging from 96.3 to 100%. The similarities of the complete genome sequences from the two couples in the current study are consistent with HCV transmission between spouses.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».