Optimization of duplex real-time PCR with melting-curve analysis for detecting the microsporidian parasites <i>Nosema apis</i> and <i>Nosema ceranae</i> in <i>Apis mellifera</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Honey bees, Apis mellifera (L.) (Hymenoptera: Apidae), are parasitized by the microsporidians Nosema apis (Zander) and Nosema ceranae (Fries). Molecular techniques are commonly used to differentiate between these parasites because light microscopy is inadequate. Our objectives were to (i) adapt the previously published duplex polymerase chain reaction (PCR) targeting the 16S rRNA gene of N. apis (321APIS-FOR, 321APIS-REV) and N. ceranae (218MITOC-FOR, 218MITOC-REV) using qualitative real-time PCR assay with SYBR® Green I dye (R-T PCR) and DNA melting-curve analysis, and (ii) determine whether the two Nosema species can be detected simultaneously in honey bees. Total spore counts and purified total genomic DNA were obtained from 37 bee samples (19 individual workers and 18 pooled samples of 15 workers) collected in Nova Scotia, Prince Edward Island, and Newfoundland, Canada. Overall, the prevalence of Nosema species was 86.5% (32/37 samples of bee DNA), based on conventional PCR and the optimized R-T PCR assay. The melting-curve analysis showed three groups of curve profiles that could determine the prevalence of N. apis, N. ceranae, and co-infection (21.9%, 56.2%, and 21.9%, respectively). The duplex R-T PCR assay was efficient, specific, and more sensitive than duplex conventional PCR because co-infection was identified in 5.4% (n = 2) more samples. Sequencing of R-T PCR products confirmed the results of the melting-curve analysis. Duplex R-T PCR with melting-curve analysis is a sensitive and rapid method of detecting N. apis, N. ceranae, and co-infection in honey bees.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».