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Enregistrement W2112390338 · doi:10.1161/atvbaha.109.201020

Genetic Variants Influencing Circulating Lipid Levels and Risk of Coronary Artery Disease

2010· article· en· W2112390338 sur OpenAlexafffund
Dawn Waterworth, Sally L. Ricketts, Kijoung Song, Li Chen, Jing Hua Zhao, Samuli Ripatti, Yurii S. Aulchenko, Weihua Zhang, Xin Yuan, Noha Lim, Jian’an Luan, Sofie Ashford, Eleanor Wheeler, Elizabeth Young, David Hadley, John R. Thompson, Peter S. Braund, Toby Johnson, Maksim Struchalin, Ida Surakka, Robert Luben, Kay‐Tee Khaw, Sheila A. Rodwell, Ruth J. F. Loos, S. Matthijs Boekholdt, Michael Inouye, Paul Elliott, David Schlessinger, Serena Sanna, Angelo Scuteri, Anne Jackson, Karen L. Mohlke, Jaako Tuomilehto, Robert Roberts, Alexandre F.R. Stewart, Y. Antero Kesäniemi, Robert W. Mahley, Scott M. Grundy, Wendy L. McArdle, Lon R. Cardon, Gérard Waeber, Péter Vollenweider, John C. Chambers, Michael Boehnke, Gonçalo R. Abecasis, Veikko Salomaa, Marjo‐Riitta Järvelin, Aimo Ruokonen, Inês Barroso, Stephen E. Epstein, Håkon Håkonarson, Daniel J. Rader, Muredach P. Reilly, Jacqueline C.M. Witteman, Alistair S. Hall, Nilesh J. Samani, David P. Strachan, Philip J. Barter, Cornelia M. van Duijn, Jaspal S. Kooner, Leena Peltonen, Nicholas J. Wareham, Ruth McPherson, Vincent Mooser, Manjinder S. Sandhu

Notice bibliographique

RevueArteriosclerosis Thrombosis and Vascular Biology · 2010
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesNational Institute of Child Health and Human DevelopmentNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesMedical Research CouncilSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungNational Human Genome Research InstituteWellcome TrustNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekBritish Heart FoundationEuropean CommissionSanofiAstraZenecaGlaxoSmithKlineJuvenile Diabetes Research Foundation InternationalNational Institute of Mental HealthNational Heart, Lung, and Blood InstitutePfizerCanadian Institutes of Health ResearchNational Science Foundation
Mots-clésSingle-nucleotide polymorphismSNPGenome-wide association studyBiologyGenetic associationGeneticsPopulationCholesterolCoronary artery diseaseGeneInternal medicineBioinformaticsMedicineEndocrinologyGenotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

OBJECTIVE: Genetic studies might provide new insights into the biological mechanisms underlying lipid metabolism and risk of CAD. We therefore conducted a genome-wide association study to identify novel genetic determinants of low-density lipoprotein cholesterol (LDL-C), high-density lipoprotein cholesterol (HDL-C), and triglycerides. METHODS AND RESULTS: We combined genome-wide association data from 8 studies, comprising up to 17 723 participants with information on circulating lipid concentrations. We did independent replication studies in up to 37 774 participants from 8 populations and also in a population of Indian Asian descent. We also assessed the association between single-nucleotide polymorphisms (SNPs) at lipid loci and risk of CAD in up to 9 633 cases and 38 684 controls. We identified 4 novel genetic loci that showed reproducible associations with lipids (probability values, 1.6×10(-8) to 3.1×10(-10)). These include a potentially functional SNP in the SLC39A8 gene for HDL-C, an SNP near the MYLIP/GMPR and PPP1R3B genes for LDL-C, and at the AFF1 gene for triglycerides. SNPs showing strong statistical association with 1 or more lipid traits at the CELSR2, APOB, APOE-C1-C4-C2 cluster, LPL, ZNF259-APOA5-A4-C3-A1 cluster and TRIB1 loci were also associated with CAD risk (probability values, 1.1×10(-3) to 1.2×10(-9)). CONCLUSIONS: We have identified 4 novel loci associated with circulating lipids. We also show that in addition to those that are largely associated with LDL-C, genetic loci mainly associated with circulating triglycerides and HDL-C are also associated with risk of CAD. These findings potentially provide new insights into the biological mechanisms underlying lipid metabolism and CAD risk.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,023
Tête enseignante GPT0,261
Écart entre enseignants0,238 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations408
Publié2010
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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